特定の原因は分かっていない
咽頭がんの発症原因は、まだはっきりとわかっていません。しかし、咽頭がんを発症させる人には、喫煙者（とくにヘビースモーカー）や飲酒を好む人（強い酒、大量飲酒を好む人）が多いことから、たばこやお酒ががんを誘発しているのではないかといわれています。
また、咽頭がんの傾向としては女性よりも男性に発症者が多いということもわかっています。
種類ごとの原因
咽頭がんでは特定の原因はわかっていないものの、それぞれの種類によって関連性があるのではないかと疑われているものがあります。ここではそれらを簡単にご紹介します。
| 種類 | 原因 |
| 上咽頭がん | 東南アジアで多発するため、この地方で食べられている塩蔵魚がリスクを高めるのではないかといわれています。そのほか、ホルムアルデヒドに関連した作業、エプスタインバーウイルス（EBウイルス）の関与などが指摘されています。 |
| 中咽頭がん | 長期にわたる飲酒と喫煙がもっとも関連しているのではないかと考えられています。 |
| 下咽頭がん | 飲酒と喫煙がリスク要因として考えられています。下咽頭の輪状後部という場所に発生するがんは、貧血をもつ女性に多いようです。 |